L'elegante edificio appartiene al complesso delle Ville Tuscolane, il nome della residenza deriverebbe dal drago rappresentato nello stemma araldico di Papa Gregorio XIII, primo illustre residente della Villa.

Nel 1567 iniziarono i lavori di edificazione del complesso residenziale, subito dopo Papa Gregorio XIII la utilizzò come residenza fissa e proprio nella Villa fu promulgata la bolla papale Inter Gravissimas, dalla quale derivò il Calendario Gregoriano.

Nel corso del Seicento fu possedimento della famiglia Borghese e visse un periodo di particolare splendore grazie al Cardinale Scipione. Vi soggiornarono diversi Papi tra i quali Clemente VIII, Paolo V ed Urbano VIII che lasciò Monte Porzio Catone nel 1626 per Castel Gandolfo.

La residenza vanta anche la presenza, nel 1858, della scrittrice George Sand che vi ideò il suo romanzo “La Daniella”.

Nel 1866 il complesso venne acquistato dai Gesuiti, con essi la Villa divenne celebre scuola di materie scientifiche e nuove tecnologie e nel 1868 vi venne allestito l’Osservatorio Meteorologico Tuscolano.

Nel 1981 Villa Mondragone venne acquistata dall’Università degli Studi di Roma Tor Vergata.