Fu fatta edificare verso la seconda metà del 1500 dallo stesso Cardinale Alessandro Ruffini che era già proprietario della Villa La Rufina; questa seconda residenza, infatti, verrà chiamata Rufinella proprio per distinguerla dalla prima.

L’edificio originariamente presentava una pianta rettangolare, alla quale venne aggiunto dal Vanvitelli un corpo perpendicolare che gli conferì la classica forma a T. Gli ambienti sono divisi in quattro piani, due dei quali hanno un’altezza maggiore.

La facciata divisa in pilastri include un portico a tre arcate. L’ultimo piano è impreziosito dalla loggia Belvedere, dalla quale si gode dello splendido panorama della campagna romana.

La Villa Tuscolana Ruffinella ebbe diversi proprietari, in seguito a varie successioni, nel 1740 venne acquistata dai Padri Gesuiti che l’adattarono a convento, grazie al genio dell’architetto Luigi Vanvitelli.

Nel 1872 Vittorio Emanuele II la vendette ad Elisabetta Aldobrandini che la conservò fino al 1966, anno in cui venne acquistata dai Salesiani. L'attuale proprietà l'ha trasformata in una struttura ricettiva.