È una delle dodici Ville Tuscolane, anche detta Villa Taverna perché fatta edificare da Monsignor Ferdinando Taverna, governatore di Roma sotto il pontificato di Clemente VIII, su un terreno sul quale erano presenti i resti di una cisterna romana.

Il nucleo centrale dell’edificio venne costruito tra il 1604 ed il 1605; nel 1614 la residenza venne poi ceduta al Cardinal Scipione Borghese che già possedeva le confinanti Villa Mondragone e Villa Vecchia: per questo è chiamata anche Villa Borghese.

I lavori di ristrutturazione vennero affidati a Girolamo Rainaldi. Altri lavori di ristrutturazione vennero effettuati sotto Camillo Borghese nel 1729, e durante tutto il secolo la residenza venne abbellita con dipinti ed affreschi, e per molti anni fu residenza di Paolina Borghese, moglie del Principe Camillo Filippo Ludovico Borghese.

Nel 1896 Villa Taverna-Borghese venne acquistata da Saverio Parisi, la cui famiglia ne è tuttora proprietaria.