La cittadina ha origini pre-romane, deriva infatti dall'antica Vitellia, situata a difesa della Via Latina insieme a Signa. Ne sono testimonianza i resti di poderose Mura Poligonali. Del periodo romano rimangono ambienti e costruzioni in opus cementicium.

Nel medio Evo la troviamo menzionata nel "Regestum Sublacense" come Mons Civitella, poi Civitella San Sisto dal nome del Santo protettore.

L'attuale nome Bellegra è dovuto alle eccezionali caratteristiche ambientali del paese.